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Entorno de trabajo bioinformático para RNA-Seq

Nuevo

Autores: Varios
Editorial: Universidad Distrital Francisco José de Caldas
Edición: Primera, 2016
Formato: Libro
Rústica, 17 x 24 cm
142 páginas
Peso: 0,235 Kg
ISBN: 9789588972152

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Reseña. Entorno de trabajo bioinformático para RNA-Seq

 
En este libro el lector encontrará una guía de la construcción y posterior uso de un entorno de trabajo bioinformático para el procesamiento RNA-Seq. El libro está dividido en cuatro capítulos: el primero proporciona las instrucciones para la instalación del sistema operativo, los paquetes y las librerías necesarias; el segundo contempla tanto la instalación como el uso de todas las herramientas bioinformáticas que harán parte del entorno. El tercero da un ejemplo de la ejecución de estas herramientas sobre datos de pruebas reales; finalmente, el cuarto da al lector las nociones básicas sobre los formatos de archivos necesarios para la ejecución de las herramientas.
 

Contenido. Entorno de trabajo bioinformático para RNA-Seq

 
Introducción
Next Generation Sequencing
RNA-sequencing
Entorno y flujo de trabajo RNA-Seq
 
Capítulo 1. Sistema operativo
Descarga del sistema operativo
Instalación del sistema operativo
Requisitos para el sistema operativo
Paquetes generales
Bibliotecas
 
Capítulo 2. Herramientas bioinformáticas
Control de calidad
FastQC
Preprocesamiento
FASTX-Toolkit
RiboPicker
SAMtools
Alineamiento o mapeo
BOWTIE
BOWTIE 2
BWA
TopHat
Ensambladores
Ensambladores de novo
Ensambladores ab initio
Anotación
Augustus
BLAST
HMMER
InterProScan MAFA
RNAmmer
SignalP
TMHMM
Trinotate
Expresión diferencial
R
EdgeR
RSEM
Utilidades
Emboss transeq
TBL2ASN
 
Capítulo 3. Ejecución de la línea de conducción sobre datos de prueba
Análisis de calidad
Mapeo
Ordenamiento de los alineamientos
Convertir formato SAM a formato BAM
Ordenar los alineamientos
Indexación de los lineamientos ordenados
Ensamblaje
Anotación
Expresión diferencial
 
Capítulo 4. Formatos de archivo
Binary Alignment/map Index (BAI)
Estructura
Extensión
BAM
Estructura
Extensión
BED
Estructura
Extensión
FASTA
Estructura
Extensión
FASTQ
Estructura
Extensión
GFF
Estructura
Extensión
HMM
Estructura
Extensión
SAM
Estructura
Extensión
TSV
Estructura
Extensión
XML
Estructura
Extensión
 
Referencias