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Biopython básico. Manual práctico

Nuevo

Autores: Varios
Editorial: Universidad Distrital Francisco José de Caldas
Edición: Primera, 2014
Formato: Libro
Rústica, 17 x 24 cm
156 páginas
Peso: 0,262 Kg
ISBN: 9789588832708

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Reseña. Biopython básico. Manual práctico 

 
En este libro encontrará los aspectos básicos de Biopython (librería para el procesamiento de daos bioinformáticos haciendo uno del lenguaje de programación Python). El libro trata los siguientes temas; introducción básica a Python, introducción a Biopython; procesamiento y almacenamiento de secuencias; ejecución de programas como BLAST o ClustaIW, que pueden trabajar en conjunto con Biopython; conexiones a las bases de datos biológicas más importantes y creación de árboles filogenéticos.
 

Contenido. Biopython básico. Manual práctico 

 
Introducción a Python
¿Qué es Python?
Características
Instalación de Python
Instalación en Windows
Instalación en GNU/ Linux
Primer programa con Python
Tipos de datos básicos
Estructuras de datos
Operadores
Estructuras de control de flujo
Funciones
Módulos y paquetes
Excepciones
 
Capítulo I. Introducción a Biopython
¿Qué es Biopython?
¿Para quién es Biopython?
Requerimientos
Instalación de Numpy
Instalación de Biopython
 
Capítulo II. Trabajar con secuencias básicas
Trabajando con diferentes tipos de alfabeto
Operaciones con el objeto Seq
Traducción
Complemento y complemento reverso
Secuencias mutables
Secuencias a Strings
 
Capítulo III. Trabajar con secuencias con más información
¿Cuándo utilizar SeqRecord?
Características y atributos de SeqRecord
Crear un objeto SeqRecord
Crear un objeto SeqRecord con características
Creación de características
Impresión en diferentes formatos
Cortar y operar objetos SeqRecord
 
Capítulo IV. Crear secuencias desde archivos y texto
¿Cuándo utilizar Bio.Sequio?
Leer desde archivos con solo una secuencia
Leer desde archivos con múltiples secuencias
Leer desde archivos comprimidos
 
Capítulo V. Escribir secuencias a archivos
 
Capítulo VI. Trabajar con alineamiento de secuencias
Biopython y ClustalW
Instalación de ClustalW
Generación de un filograma
Biopython y MUSCLE
Lectura desde archivos de múltiples alineamientos
Conversión entre formatos de alineamiento
 
Capítulo VII. Ejecutar BLAS y leer sus resultados
Ejecutar BLAST en Internet
Ejecutar BLAST en Local
Ejecución
Leer desde la salida de BLAST
 
Capítulo VIII. Conexión con bases de datos biológicas
Entrez
Entrez y Biopython
Buscar registros relacionados
 
Capítulo IX. Creación de árboles filogenéticos
Biopython y Filogenia
Generar árboles en ASCII
Generar árboles en imágenes
Editar filograma
Algunas funciones útiles de los árboles
 
Capítulo X. Códigos de ejemplo
Código de ejemplo 1. Hallar el contenido de GC
Código de ejemplo 2. Convertir entre diferentes formatos
Código de ejemplo 3. “Voy a tener suerte” versión
Entrez con proteínas
Código de ejemplo 4. Leer desde una salida de BLAST y guardar en una base de datos MySQL
Código de ejemplo 5. Crear un árbol filogenético a partir de varios archivos de secuencias Fasta
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